Плодовое тело клубневидное, до 6 см в диаметре, с гладкой или мелкочешуйчатой оболочкой (перидием) грязно-жёлтого или буроватого цвета, толщиной до 4 мм.

Мякоть (глеба) внутри фиолетово-чёрная с белыми прожилками, с запахом сырого картофеля. Позднее мякоть становится оливково-бурой, порошковидной.

Ложнодождевик лимонно-жёлтый несъедобен. См. сравнительную таблицу.